日本交流协会副会长舟町仁志，携带了日本保安厅第十一管区海上保安本部部长那须秀雄的道歉信函。

　　信函中，对撞沉联合号渔船表示衷心的道歉，并且希望在彼此友好的气氛中，及早解决赔偿的问题。

　　"没说清楚"

　　舟町仁志随后向台湾媒体表示，这是因为前次日方代表官员前往道歉时，未能详细表达日方的歉意，因此这次特别携函明白致意。

　　但是在被问及是否未来台湾渔船可以在钓鱼岛（台称：钓鱼台列岛、日称：尖阁列岛）捕鱼，无须顾虑日本海上保安舰艇的驱逐和逮捕时，舟町志仁则并未明白说明。

　　按照台湾法律，管辖区域包括钓鱼岛的台北县县长周锡玮则说，要求日方未来应该避免类似事件重演。

　　也有分析人士对日本以低阶官员的道歉信函感到不满，他们认为日方道歉的是撞沉渔船，并非为在争议海域驱赶台湾渔船道歉，目的是试图降低层级，台湾渔船的捕鱼权利仍然没有得到确认。