而改革的“一刀切”在基础装备工业方面造成的负面影响更严重，以至于一直影响到中国已经成为“世界工厂”的今天，过去30年里，中国需要的重大基础装备和重大装备技术绝大部分依赖进口。如果不是最近几年市场向好，中国装备企业的生存依然会是个大问题。但即使在今天，中国这个产业也没有出现能够与“西门子”、“通用电气”等有一争之力的世界级制造企业。

　　“改革在很大程度上改变了企业的传统管理模式和对政府的依赖，可以说，市场经济机制已在机械工业经济运行中发挥着主导作用。但在后面的改革过程中依然带有‘自上而下’式的武断。”让何光远感到痛心的是，接下来的科技体制改革同样“一刀切”色彩浓厚，“对关系到中国制造业产业升级的共性技术研究造成了难以挽回的伤害”。

　　早在1986年，国家就开始了第一次的科技体制改革，逐步减少对科研院所的财政划拨经费。1990年代中期，国家开始了以科研院所转制为主要内容的第二次科技体制改革，希望彻底把科研院所推向市场。

　　1996年，何光远从部长的任上退休，但他注意到了三年以后的一次更关键的改革。1999年3月，机械工业、冶金、 煤炭、化工等10个由部降格为局的行业主管部门在划归原国家经济贸易委员会之后，所属科研机构管理体制改革启动。按要求，10个行业局所辖的242个技术开发型科研院所，在2000年底前必须与政府脱钩，由事业单位向企业化转制。

　　改革似乎在一夜间完成，原先这些一直承担共性技术研究和行业标准制定的科研机构，转瞬间成为以赢利为目的的企业。但是改革的不良后果也很快显现出来。“这些科研院所以前承担了国家共性技术的研究和行业标准、技术规章的制定，改制后成为企业，这些科研机构没有动力进行共性技术研究了，他们更关心如何到市场上找饭吃。”何光远说，这些损失是长远的。

　　2006年“两会”前夕，242家转制行业科研院所的院士们联名上书国务院，信中建议国家尽快成立工业技术研究院，专门研究行业发展中重大的、关键的共性技术，为应对国际巨头的竞争提供技术支持。但到目前为止，工业技术研究院还停留在院士们的建议书上。

　　频繁的机构改革

　　中国30年的改革，表现在政府管理层面上是多次机构变动。改革主线也以淡化行政色彩、加强宏观管理，从僵硬的行政管理实现市场化的行业管理为主。

　　30年里，中国机械工业管理体制也经历了数不清的变革，反反复复、分分合合，虽然每次都是在政府机构改革的大背景下展开，但期间又充满了随意性。

　　1980年年底，何光远从长春调任国家农业机械部任副部长。当时农业机械部除了负责农业机械的制造外，农业机械化和农机使用管理也归口该部，另外内燃机制造也属于农机部职权范围。当时除农业机械外，还有从一机部到八机部的8个部级管理部门，分别管理民用机械、核工业、航空、电子工业、兵器、造船、航空和战术导弹工业。在这些部门之上，国务院还专门有一个机械工业委员会，总体指导全国机械工业领域，薄一波任机械委主任。

　　1982年2月，国务院开始了十一届三中全会以后第一次自上而下的政府机构改革。按改革方案，国务院决定在农机部与一机部合并的基础上，吸收成套总局和仪表总局，成立机械工业部，撤销国务院机械委。机构合并前，一机部部长是饶斌，农机部部长是杨立功。

　　何光远回忆，为了机构合并，国务院成立了一个筹备小组，饶斌任组长，副组长是杨立功，成员有何光远、一机部副部长杨铿和仪表总局的曹维廉，后来成套总局也要整合进来，成员又增加了杨一木。

　　机构合并后，正在研究干部配备时，中央突然决定，调周建南到机械部任部长。周建南曾任一机部副部长，调任机械部部长之前是国家进出口委员会副主任。饶斌则被改调筹备中国汽车总公司。

　　合并后的机械工业部运转了4年，1986年，原机械工业部部长周建南已经退休，国务院没有任命新的部长，而是由何光远暂时主持机械工业部的日常工作。当时，国家为了打破军民、部门和地区的界限，提出了全面落实军民结合、平战结合的方针，并决定把全国民用机械体系和兵器工业体系统一组织起来，进行统筹规划和协调。

　　一天，何光远在大连出差，突然接到来自国务院的一个电话，电话里让何光远马上赶回北京，国务院总理赵紫阳有要事找他宣布。接到同样通知的还有时任兵器工业部部长邹家华。何光远回京的当天下午，赵紫阳向他们宣布，撤销机械工业部和兵器工业部，两家合并。

　　何光远和邹家华都没有心理准备，也没有人事先知会过合并的事情。惊讶之余，就商量新机构叫什么名字，与会者商量来商量去，觉得叫机械工业部和兵器工业部都不合适，正在左右为难之际，参加会议的体改委副主任贺光辉建议说：“老机械委已被撤销，不如就叫机械委吧。”

　　机械委成立后，邹家华任主任、党组书记，何光远任副主任、党组副书记。

　　1982年的政府机构改革，由于没有触动高度集中的计划经济管理体制，也没有实现政府职能的转变等原因，政府机构不久又呈膨胀趋势。1988年，国务院决定再次进行机构改革。在这次机构改革中，机械委与电子工业部合并，成立机械电子工业部。但据何光远回忆，机械电子工业部成立不久，兵器中国工业总公司就宣布成立，实行计划单列，虽然仍由机械电子部实行行业管理，但宣告了1986年机械工业与兵器工业合并的结束。

　　今天，机构变革中的分分合合仍然留下了可以追寻的痕迹：在北京市西城区三里河路46号的大门上，一边挂的是中国机械工业联合会的牌子，另一边挂着中国兵器工业集团公司的牌子，双方成了最紧密的邻居。

　　兵器工业总公司单列后，也触动了电子工业部门。原电子工业部的老部长们认为，既然兵器工业可以单列，那么电子工业也要计划单列，搞个电子工业总公司。在他们的推动下，中国电子工业总公司成立，也实行计划单列，原机电部副部长张学东出任总经理。

　　中国工业管理体制又被折腾了一次，此时何光远已经出任机电部部长，曾培炎任副部长、党组副书记。

　　1989年，电子工业部的一些元老给中央写信，提出“电子工业是朝阳工业，机械制造业是夕阳工业，这两家不能放在一起”。1993年的国务院机构改革中，机械电子工业部被撤销，分别组建机械工业部、电子工业部。何光远仍任机械工业部部长。

　　1996年2月，何光远卸任机械工业部部长，退休二线。

　　此后，1998年国务院再次进行机构改革，确立了建立办事高效、运转协调、行为规范的政府行政管理体系，完善国家公务员制度的改革目标，决定将部分专业经济管理部门改组为国家局。机械工业部被撤销，组建机械工业局，与其他9个局一起归口在国家经贸委之下。

　　这一改革被认为是从计划经济体制走向社会主义市场经济体制、实行政企分开的重大步骤，10个国家局也被明确只是作为一个过渡性机构存在，当时确定的过渡期为三年。