四是真正具全新意义的部门，是工业和信息化部，为的是全面统合中国工业化的大工业部建制。国家行政学院公共管理教研部副教授顾平安认为，“它不仅融合工业生产，还包括上游研发、下游流通等，由此中央政府不能回避的问题是，要从宏观上管理工业行业，推进资讯技术和工业行业的融合。”至于国防科工委也被合并进去，是因为国防科技工业的研发、生产与建设以及军工企业的战略重组等重大问题，都需要加强产业融合与产业配套。有人指出，成立主管工业化部门有复归计划经济色彩的嫌疑，顾解释道，新部门不是对计划经济体制下传统工业管理方式的回归，“它肯定是一个宏观的、整体的、指导的，不是直接干预市场的，更多的是一种服务。”

　　五是提升管理决策层级，如环保部。尽管国家环保总局在1998年就升为正部级单位，但兼之只是总局，管理施展空间有限。一般是国务院组成单位的部委才参与重大决策，而直属机构则负责专业性行政事务管理，基本上是国务院决定了的事情，然后交给环保总局去办，环保总局本身无法参与决策。此次晋升为环保部，地位发生重大变化。可以直接参加国务院常务会议，在决策中的地位突显了。国务院环保方面的档，将由环保部起草，以国务院名义发出，如此一来，对地方约束力大大增加。

　　六是注重主体功能改造，如国家发改委，着重其负责宏观规划和加强宏观调控的功能，并和财政部、中国人民银行建立联动协调机制，从而发挥宏观调控的最有效性，减少宏观调控的顺延。今后，还会把国家发改委更多的行政审批事项转移出去，将发改委辖下有关某领域的具体审批功能司局，放回到国务院相关的部门里去。

　　总之，真正大部门制的建立，绝不可能一次完成，需要多次协调、磨合与推进，甚至重组。同时，在对地方政府机构的改革，除了上下必须对口的之外，目前还不要求地方和中央完全一致，地方可以因地制宜考虑自己的统筹和机构设置，调整和统筹机构设置。地方机构改革也不设定时间限制，由地方考虑何时改革、怎么改革，但必须在中央政府的指导和统筹下来进行。可以想见，今后关于“大部制”的改革，还将有相当艰巨的任务和道路要走。