２００７年１０月３日，朝核问题六方会谈通过《落实共同声明第二阶段行动》共同文件。根据这份文件，朝鲜同意对现有核设施进行以弃核为目标的去功能化，并在同年１２月３１日前完整、准确地申报全部核计划。美国应在朝鲜具体落实文件的同时履行其对朝承诺，即启动不再将朝鲜列为“支持恐怖主义国家”程序及推动终止对朝适用《敌国贸易法》。但在核申报问题上，朝美双方此后却产生分歧，分歧点主要集中在朝鲜提取的武器级钚的数量、浓缩铀计划及与叙利亚核合作问题。在武器级钚的提取量问题上，朝鲜曾在２００７年１１月向美国通报：朝的钚存量为３０公斤，而美国则估计有５０公斤。此外，朝鲜否认了存在浓缩铀问题，同时也否认了核合作问题。

　　由于分歧严重，朝鲜未能如期申报核计划，并表示“不得不调整去功能化的速度”。此外，朝鲜方面认为，有关方面在拖延履行按月向朝鲜提供重油等物资的承诺，美国也没有启动将朝鲜从“支恐”名单中除名和终止对朝适用《敌国贸易法》的程序。美国方面则多次表示，在朝鲜进行完整、准确的申报之前，美国不会启动“除名”和对朝终止适用《敌国贸易法》程序。